Die erste urkundliche Erwähnung der Burg mit Adalram von Valkenstein beläuft sich auf das Jahr 1140.
Die Burg Falkenstein wurde von den Passauer Bischöfen gestiftet, mit dem Zweck der Rodung der umliegenden Region einschließlich Teilen Bayerns und Böhmens.

Ab dem 13. Jahrhundert wurde von diesem Gebiet aus die Urbarmachung und damit die Besiedlung des Oberen Mühlviertels vorangetrieben. Dazu zählt auch die Gründung des Klosters Schläglg durch Calhoch II. von Falkenstein am 29. Juli 1218. Es befindet sich an der Großen Mühl am Fuße des Böhmerwaldes und gilt aus heutiger Sicht als kultureller Mittelpunkt des Bezirkes Rohrbach.

Bereits 1227 starb das Geschlecht der Falkensteiner aus und und die Burg gelang in den Besitz der Witigonen.
Von den Rosenbergern übernahmen die Oberheimer Burg und Herrschaft und bauten die Burg und den Wasserturm um. 1589 wurde Bartholomae Salburger Pfleger der Herrschaft Falkenstein und konnte die Herrschaft 1598 käuflich erwerben.
1724 wurde die Herrschaft Falkenstein mit der Herrschaft Altenhof zusammengelegt und der Sitz nach Altenhof verlegt. Die Burg wurde dem Verfall preisgegeben.